郭照辉(党总支书记):主持所党总支党建全面工作。负责全所党的建设、纪检、文明创建、工会、退休服务、科技服务与成果转化工作。主要联系基因编辑与合成生物学团队、肥料微生物品种创制团队、国家植保微生物种质资源库(湖南)。
彭迪(党总支副书记、所长):主持所行政全面工作,协助负责党的建设。负责全所发展规划与改革、科研管理与学科发展、分析检测、安全生产工作。分管微生物检测中心、中试转化中心,主要联系功能微生物资源系统挖掘与工程应用团队、植物内生微生物与作物健康团队。
黄飞毅(副所长):主要承担借调单位工作,负责对外交流,协管科研项目申报工作。
唐冰璇(副所长):主管单位党建、行政、后勤及群团工作,分管办公室、计划财务科、组织人事科、条件保障科、退休服务科。
蒋慧丹(副所长):主管单位科研团队发展,分管科学技术科、肥料微生物品种创制团队、农业资源与微生物应用技术团队、植物内生微生物与作物健康团队、农业环境微生物团队。
刘清术(副所长):主管单位科研团队发展、国家植保微生物种质资源库(湖南),分管基因编辑与合成生物学团队、食药用菌团队、微生物与生态养殖团队、环境微生物智能化发掘与利用团队、功能微生物资源系统挖掘与工程应用团队。